O Internet Explorer leva em conta não a altura indicada de um elemento, mas sim as alturas dos elementos desse elemento.
Com o código abaixo é possível fazer com que a altura indicada em porcentagem para uma div seja respeitada no Internet Explorer, ou seja, se uma div é pra ter 100% de altura, então ela terá!
html {height: 100%;}
body {min-height: 100%;}
* html body {height: 100%;}